Menurut tokoh masyarakat Desa Onje, Kyai Maksudi, masjid yang sebelumnya bernama Masjid Onje ini didirikan pada abad ke 13 oleh Syekh Syamsudin.
“Masjid ini sudah ada sebelum Kabupaten Purbalingga berdiri. Bahkan menurut cerita konon kabarnya masjid ini berdiri sebelum Masjid Agung Demak,” ujar pria yang juga sesepuh Islam Aboge di Desa Onje.
Kyai Maksudi menjelaskan, Saat itu wilayah Onje masih hutan belantara, jadi masih banyak pohon pakis yang tumbuh. Berbeda dengan saat ini, sudah menjadi pemukiman penduduk yang padat.
"Sayangnya tidak ada tanda-tanda khusus baik berupa goresan, tulisan, gambar, maupun simbol lain yang menunjukkan angka tahun pembuatannya. “Hanya berdasarkan cerita turun-temurun saja sejarah Masjid R Sayyid Kuning berdiri,” katanya.
Ditambahkan Maksudi, masjid tersebut merupakan pusat penyebaran agama Islam di wilayah Kabupaten Purbalingga dan sekitarnya.
Sehingga saat masa Wali Songo, masjid juga dikunjungi Sunan Kudus, Sunan Bonang, Sunan Gunungjati, dan Sunan Kalijaga.
Pada masa Wali Songo sekitar abad ke 14, masjid untuk pertama kali direnovasi oleh keempat wali. Meski belum ada penelitian arkeologi, namun Masjid R Sayid Kuning diyakini sebagai masjid tertua di Purbalingga dan Jawa Tengah.***