Jalur kereta api rute Purwokerto-Wonosobo sepanjang 92,1 kilometer melalui kota Purwokerto, Sokaraja, Banjarsari, Klampok, Banjarnegara, dan Wonosobo (ke arah timur).
Selain itu juga dibangun jalur cabang Banjarsari-Purbalingga sepanjang 7 km diresmikan pengoperasiannya pada tahun 1900.
SDS juga membangun jalur kereta api juga menghubungkan Purwokerto-Patikraja-Sampang-Maos (ke arah selatan) sepanjang 29 km dan diresmikan pengoperasiannya pada tahun 1896.
Jalur ini diujicoba terlebih dahulu untuk pengangkutan barang milik Pemerintah Hindia Belanda.
Untuk selanjutnya di samping mengoperasikan gerbong barang, perusahaan ini juga mengoperasikan kereta penumpang untuk masyarakat umum.
Kereta api yang melintas rute ini ternyata sangat diminati oleh masyarakat Banyumas sebagai sarana transportasi yang efektif dan murah.
Perusahaan-perusahaan swasta besar yang paling berkepentingan dan paling banyak menggunakan jasa kereta api adalah perusahaan gula.
Sejak kereta api beroperasi maka seluruh muatan milik pabrik gula diangkut dengan kereta api.