Penyebab kecelakaan anjlok kereta ini belum diketahui secara pasti. PT KAI menyerahkan penyelidikan pada Komisi Nasional Keselamatan Transportasi (KNKT) dan pihak Kepolisian setempat. Fokus PT KAI adalah kembali normalnya transportasi yang melalui dua lajur pada km 520+4 tersebut.
Sementara dilansir dari PortalPurwokerto, Pihak kepolisian telah menyebut penyebab anjloknya kereta api pada Selasa siang tersebut melalui akun Instagram resmi Divisi Humas Polri. Polri menemukan bahwa adanya masalah pada bantalan rel kereta yang mengalami erosi. Hal ini menyebabkan miringnya gerbong dikarekan kerikil bantalan rel tersebut. Belum ada tanggapan resmi dari PT KAI mengenai rilis ini. ***