Di Kalimantan ada tiga provinsi yang dibangun jalan pararel perbatasan 1.832,13 km, yakni Prov. Kalimantan Timur 406.26 km, Prov. Kalimantan Utara 614,55 km dan Kalimantan Barat 811,32 km. Sementara jalan akses perbatasan berada di Prov. Kalimantan Utara sejauh 377,8 km.
Sementara untuk transportasi udara, sejumlah bandara terbangun di wilayah perbatasan, seperti Bandara Letung di Pulau Jemaja (Kab. Anambas, Prov. Kep. Riau), Bandara Tambelan di Pulau Tambelan Besar (Kab. Bintan, Prov. Kepulauan Riau), Bandara David Constantin Saudaledi Pulau Rote (Kab. Rote Ndao, Prov. Nusa Tenggara Timur), Bandara Tardamu di Pula Sawu (Kab. Sabu Raijua, Prov. Nusa Tenggara Timur), Bandara Mopah di Merauke (Kab. Merauke, Prov. Papua Selatan), Bandara Tanah Merah (Kab. Boven Digul, Prov. Papua Selatan), Bandara Ewer di Pulau Ewer (Kab. Asmat, Prov. Papua Selatan), Bandara Miangas di Pulau Miangas (Kab. Talaud, Prov. Sulawesi Utara).
Demikian pula transportasi perairan dihubungkan dengan sejumlah kapal tol laut dan kapal perintis untuk wilayah perbatasan.
Pos Lintas Batas Negara (PLBN)
Untuk membangun pos perbatasan di kawasan perbatasan telah dikeluarkan Instruksi Presiden Nomor 6 Tahun 2015 tentang Percepatan Pembangunan 7 (Tujuh) Pos Lintas Batas Negara Terpadu dan Sarana Prasarana Penunjang di Kawasan Perbatasan.
Adapun ketujuh PLBN itu adalah PLBN Aruk (Kab. Sambas, Prov. Kalimantan Barat), PLBN Entikong (Kab. Sanggau, Prov. Kalimantan Barat), PLBN Badau (Kab. Kapuas Hulu, Prov. Kalimantan Barat), PLBN Motaain (Kab. Belu, Prov. Nusa Tenggara Timur), PLBN Motamasin (Kab. Malaka, Prov. Nusa Tenggara Timur), PLBN Wini (Kab. Timor Tengah Utara, Prov. Nusa Tenggara Timur), dan PLBN Skow (Kota Jayapura, Prov. Papua).